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La gouvernance du Protocole de Nagoya au Maroc repose sur une approche participative, intégrant diverses parties prenantes. Le principal organe de gouvernance est laCommission Nationale des Changements Climatiques et de la Diversité Biologique, créée pour superviser la mise en œuvre des engagements internationaux du Maroc, y compris le Protocole de Nagoya (article 7 du décret n° 2.19.721 du 27 avril 2020).
Un Groupe de travail «Suivi des Protocoles de la Convention sur la Diversité Biologique » découlant de la Sous-Commission de la Diversité Biologique a été conçu pour assurer le suivi de la mise en œuvre du Protocole de Nagoya sur l’accès aux ressources génétiques et le partage juste et équitable des avantages découlant de leur utilisation.
Le Groupe de travail APA, composé de représentants des ministères de l’Agriculture, de l’Environnement, et de la Recherche scientifique, est chargé de veiller à la bonne mise en œuvre des projets nationaux et à l'application des lois.
La commission nationale agit comme un point central pour coordonner les efforts entre les ministères, les organisations de recherche et les acteurs privés.
Mise en place de mécanismes pour évaluer l'impact des politiques APA.
Participation aux réunions internationales pour s'assurer que les initiatives marocaines sont alignées sur les directives mondiales.