Dans le cadre du Protocole de Nagoya, chaque pays signataire est tenu de désigner une ou plusieurs Autorités Nationales Compétentes (ANC). Ces entités jouent un rôle central dans la mise en œuvre du protocole au niveau national, en assurant la régulation de l'accès aux ressources génétiques et le partage juste et équitable des avantages découlant de leur utilisation.
Elle évalue et autorise les demandes d'accès aux ressources génétiques et aux connaissances traditionnelles associées, en veillant au respect des réglementations nationales.
Elle négocie et formalise les termes du partage des avantages entre les utilisateurs et les fournisseurs des ressources.
Elle veille à ce que les utilisateurs respectent les obligations en matière d'accès et de partage des avantages, et peut prendre des mesures en cas de non-conformité.
Elle fournit des informations aux parties prenantes nationales et internationales et facilite la coopération entre les pays.
La structure des Autorités Nationales Compétentes (ANC), désignées par chaque pays pour mettre en œuvre le Protocole de Nagoya, varie selon les contextes nationaux. Certains pays optent pour une autorité unique centralisée, chargée de l'ensemble des ressources génétiques, tandis que d'autres choisissent de désigner plusieurs ANC sectorielles, chacune spécialisée dans un domaine ou un écosystème spécifique, tels que les ressources marines, forestières ou agricoles. Cette flexibilité, prévue par l'article 13 du Protocole, permet aux États d'adapter la gouvernance de l'accès et du partage des avantages (APA) à leurs réalités institutionnelles, écologiques et administratives, facilitant ainsi une mise en œuvre efficace et conforme aux exigences du Protocole.